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小米手机设置短信加密功能可以通过以下步骤完成。
1、打开手机设置，找到并点击“隐私保护”选项。
2、在隐私保护页面中，找到并点击“应用锁”选项。
3、在弹出的对话框中输入你的小米账号密码或指纹识别进行验证。
4、打开“应用锁”开关后，找到需要加密的短信应用并开启对应的应用锁开关。
5、设置好以后，进入短信应用时就需要输入或验证指纹来解锁才能进入，以此来保护短信的隐私安全，还可以在“隐私保护”页面中选择“隐私通话”，进入相关设置页面，开启隐私通话功能，以加密短信内容进行通信。
通过以上步骤，可以实现在小米手机上对短信进行加密的功能，不同版本MIUI系统的设置可能存在差异，需以实际页面为准进行操作。